在使用生物制药纯化水处理设备时要注意维护也保养，在通常情况下，由于长期的运作使得标准化通量和系统拖延率都会有所下降，而且操作的压力会上升。出现这种情况时就代表着制药纯化水设备需要进行清理了，在清洗时要注意频度和系统预处理程度之间的关系，一般情况下，当系统预处理程度小于三时，清洗的频度保持在一年四次就可以，但是如果系统预处理程度大于三时就将清洗的程度加倍了。制药纯化水设备在使用过程中还有注意停机时间的限制，如果水温在高于20度而小于40度时，最多的停机时间可达四小时，如果是在20度以下的话，那么停机的时间可以延长至8个小时。